肿瘤基因检测结果报告解读怎么解、读怎么看
目前基因检测已经成为肿瘤治疗不可或缺的检查项目。二代测序(NGS)是临床肿瘤基因检测常见检测技术。
当您拿到一份肿瘤基因检测报告，看不懂的专业名词，报告信息量大，感觉拿着一本“天书”?接通了医生的电话，满脑子问号却不知从哪里问起?
如何正确理解NGS报告的逻辑结构、抓取关键信息并综合分析,以实际指导临床决策, 决定了NGS检测能否为肿瘤患者带来真实的临床获益，所以准确解读基因报告非常重要。今天浩益就带领大家一起来学习一下如何读懂一份肿瘤基因检测报告。
NO.1、肿瘤基因检测的流程
基于NGS技术检测肿瘤体细胞变异的实验流程可概括为以下几个主要环节：样本采集及质量控制、DNA提取、文库制备、测序、基因组数据生成及数据分析。
其中，数据分析可进一步拆解为三个流程：变异识别、变异注释及过滤、变异的临床解读。
变异识别、注释及过滤经由生物信息学工具实现;而临床解读则需要基于严格的分级逻辑，整合当前公共数据库及已发表文献的海量信息，特别是变异-药物敏感性信息，建立基因变异的临床解读知识库，最终将与送检样本的对应癌种及检出的基因变异相匹配的临床意义(如药物敏感性信息)及其证据级别呈现在NGS报告中。
NO.2、基因检测报告包含哪些内容
基因检测报告主要原则是一致的，即应符合《临床基因检测报告规范与基因检测行业共识探讨》和《临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识》等基本规范。
一份标准的肿瘤NGS基因检测报告分为四部分内容：
一是基本信息，包含患者姓名、样本类型、检测项目、检测日期等;
二是基因检测结果，能够利用一页纸清晰明了的呈现本次检测的结果，便于阅读;
三是临床释义，根据指南与共识，给予基因检测结果对应的临床治疗方案与用药指导，一些针对遗传基因咨询的检测报告，会列出一些风险和建议;
四是附录，包含检测基因列表，质控信息，参考文献等。
各检测机构的报告模板大同小异，但内容才是核心关键。
• 基本信息
基本信息包括了患者的基本信息(姓名、年龄、性别、临床诊断、送检医院和送检科室);样本信息(样本类型、样本编号、接收日期)、检测相关信息(检测日期、检测方法、检测项目、报告日期、报告编号)、质控信息(验收质控结果和质检结果)等。基本信息主要来自预约信息，预约信息准确是保证报告信息准确的前提条件。
• 基因检测结果与信息提示
检测内容：简单介绍所选方案包含的检测项目。检测数量越多可以获取更多信息，不过价格也相对更高。建议根据经济情况和需求选择适合检测数目。
检测提示：根据检测结果汇总本次检测基因变异结果：可能获益的靶向药物、免疫治疗药物、化疗药物;其他潜在获益的治疗药物;可能参与的临床试验。
解读依据：最新的NCCN指南、基因与用药的临床医学证据、NMPA和FDA药物批准信息以及临床试验信息平台。实时更新最新指南内容、临床试验信息。
• 靶向药物相关基因阳性/阴性结果
常见的基因检测内容有：突变(包括点突变、插入、缺失)、重排/融合、扩增、拷贝数变异等，常见的还有免疫组化(IHC)指标;
基因检测结果分为：阳性结果(阳性敏感突变、阳性耐药突变、阳性意义未明突变)、阴性结果，可用药的变异结果在前;
临床指南建议本癌症治疗药物：指南中明确推荐的本癌症靶向药物;
其他潜在获益药物：其他癌种获批药物及靶向该突变的临床试验药物。
变异命名规则
“g.”表示基因组序列;
“c.”表示DNA序列;碱基用大写字母，如g./c.205A>T;
“n.”表示非编码RNA序列;
“r.”表示RNA序列，碱基用小写字母，如r.205a>u;
“p.”表示蛋白质序列，如p.Trp26Cys;
3’规则：对于突变的所有描述，最靠近参考序列3'端的描述优先考虑;应用于所有关于基因组，基因，转录本，蛋白的相关突变描述。
变异描述
“>”(大于号)表示碱基替换，如c.123G>A;
“del”表示缺失，如c.76delA;
“ins”表示插入，如c.76_77insG;
氨基酸替换不用“>”表示，直接写为p.Gly13Asp。
突变频率
又称“突变丰度”，指的是发生某个突变的肿瘤细胞占所有肿瘤细胞的比例。
也可以简单理解为某位患者肿瘤组织样本中有100个肿瘤细胞，每个肿瘤细胞携带的基因不同，例如携带A位点突变的肿瘤细胞有2个，变异频率为2%;
一般而言，敏感突变的变异频率越高，应答的可能性就越高，用药效果会比较好;变异频率越低，虽然存在敏感突变，但是用药效果可能并不理想;
对于大部分基因的变异频率并没有明确阈值，按照指南要求，在不存在阳性耐药突变时，携带阳性敏感突变的均推荐使用药物，突变频率可以作为参考。
CSCO指南指出，肠癌患者使用NGS方法检测RAS基因时，建议以5%作为突变丰度的截断值，RAS突变丰度低于5%的肠癌患者仍有可能从西妥昔单抗或帕尼单抗治疗中获益。
• 免疫治疗药物相关基因阳性/阴性结果
具体结果：不同检测项目对应不同的结果表述方式;
具体数值：不同检测项目对应不同的结果量化方式;
本癌症相关治疗药物：展示本癌症获批的所有免疫药物;
其他癌症相关治疗药物：展示其他癌种获批的免疫药物。
• 化疗药物疗效及其毒副作用基因检测结果
根据PharmGKB数据库的注释，列出该样本的基因多态性和化疗药物相关的疗效和毒副作用。化疗药物的作用与基因之间的相关性，不如靶向药物那么强。这类结果仅供参考。
• 胚系变异检测结果
与遗传性肿瘤相关的结果。有些肿瘤具有一定的遗传性，如乳腺癌、卵巢癌、结直肠癌等。这些患者需要关注是否存在遗传性肿瘤相关的胚系变异。
根据ACMG(美国医学遗传学和基因组学学会)遗传变异注释标准与指南(2015年版)，遗传变异分为已知致病变异、疑似致病变异、临床意义未明变异、疑似良性变异和良性多态性变异五个等级，对应不同的遗传风险。
• 热点基因检测结果解读
基因介绍：来源于NCBI数据库中基因描述;
用药进展信息：来源最新的中外指南及前沿临床研究;药物临床使用顺序有严格的规定，必须根据临床指南、用药规范以及临床各指标结果来制定;检测报告中会根据指南规定标注出每个癌种的一线、二线、三线等用药使用顺序，方便临床查用;具体临床用药方案由医生进行制定，检测报告只做推荐参考之用。
• 靶向/免疫治疗药物应用参考信息
本癌种获批的靶向/免疫治疗药物的介绍，包括药物的通用名，制剂与规格，适应症和合理用药要点等。
• 附录：质控报告
拿到一份基因检测报告，相信绝大多数人只看是否检测出了明确突变，而更多详细信息会以附录形式出现在报告主体内容后，容易被忽略。
一份报告的结果是否真实可信，依赖于这些看似不起眼的“ 附加信息”，包括检测方法、检测内容、质控参数 、局限性说明等。
质控报告部分覆盖了检测全流程和生物信息学分析，从样本采集、运输、验收、核酸提取、文库构建、上级测序、生信分析到报告输出均设定严苛的质控标准，有力保证精准的基因检测结果。
在报告的附录会包括样本保存及运输条件;样本收到时状态;样本数量要求;上机前样本质控;下机后样本质控;阴性质控对照;阳性质控对照。对于突变频率<千分之四的热点突变再次用突变富集液相芯片技术进行二次确认。
NO.3、基因检测报告解读注意事项
(1)如何快速提取报告中的关键信息
一份基因检测报告中最关键的信息就是检测结果，在检测结果汇总部分，可直接查看本次检测中有临床意义的基因变异与可能获益的治疗药物。
(2)基因检测结果显示敏感变异阳性,但使用对应的药物没有效果,是什么原因
没有任何一种药物或者疗法可以达到100%临床有效率，靶向药和免疫检查点抑制剂类药物也是如此。
有些药物的疗效还与肿瘤类型、病灶部位、肿瘤微环境等有关。
肿瘤组织有异质性，可能检测样本有敏感变异，但其它没有检测到的样本存在耐药突变，也会影响用药效果。
基因检测不能检出所有的耐药原因，如可能存在未知的，或在检测范围之外的耐药突变，或者是在其它层面如蛋白水平有耐药因素，也会导致用药无效。
(3)肿瘤患者检测出有基因突变,是否一定有靶向药物可以使用
基因突变存在着非常多的类型，有些突变虽然明确与肿瘤的发生有关(如P53突变、MYC扩增等)，目前尚无已上市的靶向药物。
(4)什么是全阴性报告?全阴性报告是不是说明检测白做了
全阴性报告为该样本没有检出任何肿瘤体细胞突变，说明在产品检测范围和最低检出限内未检测到有临床意义的基因突变的，不排除受检者携带检测范围以外的基因突变，或者基因频率低于最低检出限的基因突变。
全阴性报告虽然无法提供可能获益的药物，但是并不意味检测无用，因为不做基因检测就不知道是靶向、化疗还是免疫药物有用，可能会出现盲目用药，延误治疗机会，造成金钱浪费。
内容来源:浩益基因